Tokyo, 2039. Ayant profondément souffert de l'épidémie du virus Apocalypse survenue le jour du Lost Christmas, qui a fragilisé les bases de sa puissance dix ans auparavant, le Japon ne tient plus à présent que par le soutien extérieur de plusieurs pays, maintenu par le régime militaire du GHQ où la valeur de chaque vie est devenue insignifiante. C'est dans ce contexte que Shū Ouma, jeune étudiant mal dans sa peau, trouve dans son repaire Inori, chanteuse du groupe EGOIST : la jeune fille, blessée, vient de dérober à Sephirah Genomics un précieux cylindre destiné à Gai, chef du groupe terroriste Croque-Morts. Débusquée par les Anti-Bodies, groupe d'intervention sous la direction du GHQ, Inori est enlevée et Shū, impuissant, décide néanmoins de terminer sa mission. Interrompu par une explosion alors qu'il rencontre Gai, Shū part à la recherche d'Inori, qu'il découvre ciblée par deux Endlaves (armures mobiles) alors qu'elle tentait de s'enfuir. En s'interposant pour la protéger de leurs tirs, le cylindre contenant le Void Genome se brise alors et confère à Shū un étrange pouvoir…